خامنه اي در 8 تيرماه 87 (28 ژوئن 2008) سعيد جليلي را بجاي علي لاريجاني بعنوان نماينده خودش در اين شوراي عالي امنيت ملي تعيين كرد. تا اين تاريخ از آنجا كه سعيد جليلي عضو رسمي شورايعالي امنيت نبود, نه شركتش در جلسات شورايعالي امنيت ملي قانوني بود و نه حق رأي داشت ولي با رياست مجلس شدن علي لاريجاني خامنه اي امكان پيدا كرد كه جليلي را نماينده خودش در شورايعالي امنيت ملي كند تا دبير شورايعالي امنيت ملي بعداز 8 ماه قانوني شود.
سوابق جليلي دبير جديد شوراي عالي امنيت:
• از مهره هاي کاملاً سر سپرده احمدی نژاد و كانديد وزير خارجه از طرف احمدي نژاد بود.
• جليلي از پاسداران و بسيجياني است كه در جنگ مجروح شده و جانباز هم بحساب ميآيد
• جليلي كه از تحصيل كرده هاي دانشگاه امام صادق است (اين دانشگاه مختص عناصر اطلاعاتي و ايدئولوژي بنيادگرائي با هدف كادر سازي براي نظام بوده است)
• چندين سال نماينده خامنه ای در جلسات دبيرخانه شورای امنيت ملی بوده است.
• در زمان وزارت ولايتی به سمت رياست بازرسی وزارت خارجه گمارده می‏شود او با هاشمي ثمري گزينش سفرا و ديپلماتها را در وزارتخارجه دنبال ميكرد.