“مجلس اعلا” يا “مجلس اعلاي انقلاب اسلامي عراق” در سال 1361، (1982) به‌دستور خميني تأسيس گرديد و سيد‌علي خامنه‌اي از طرف خميني مأمور تنظيم اساسنامهٌ آن گرديد. باقر حكيم طي يك سخنراني كه در روزنامهٌ بدر منتشره30خرداد 78 (20 ژوئن 1999) به‌چاپ رسيد به اين تاريخچه اشاره ميكند و ميگويد: “مجلس اعلا كه قانون آن واساسنامهٌ آن با نظر امام و زير‌نظر شخص ولي‌فقيه (خامنه اي) ريخته شده است.»
خميني ابتدا محمود هاشمي شاهرودي رئيس فعلي قوه قضاييه رژيم را به‌عنوان اولين رئيس مجلس اعلا و باقر حكيم را به‌عنوان سخنگوي آن منصوب كرد. با بالا گرفتن آتش جنگ ضدميهني و دست‌بستگيهاي رژيم در تأمين نيروي انساني كافي براي جنگ، خميني وظيفهٌ اصلي مجلس اعلا را بسيج عراقيان ساكن ايران جهت شركت در جنگ تعيين كرد.در آن‌زمان برخي جريانات عراقي مستقر در ايران، مخالف شركت عراقيها در جنگ بودند ولي در‌نهايت به‌دستور خميني و به‌عنوان يك تكليف شرعي اعلام گرديد كه عراقيان ساكن ايران نيز هم‌چون نيروهاي بسيج و سپاه پاسداران بايد در جنگ عليه عراق شركت كنند.
در تاريخ 80.10.01 با جدي شدن حمله آمريكا به عراق جلسه شوراي عالي امنيت ملي رژيم در مورد عراق با حضور خامنه اي تشكيل شد, در آن به اين نتيجه رسيدند كه تنها راه برون رفت رژيم ايران سهيم شدن در دولت آينده عراق از طريق مجلس اعلاي عراق است.
در جلسه شورايعالي امنيت ملي رژيم در 18 شهريور 81 در بيت خامنه اي به اين نتيجه رسيدند كه بنظر مي رسد حمله نظامي آمريكا به عراق درآينده نزديك قطعي باشد . نتيجه مستقيم اين حمله ، حضور بلند مدت آمريكا در عراق است بنا براين اتخاذ سياستي فعال درعرصه منطقه اي و بين المللي براي رفع خطرات دور يا نزديك ازايران ضروري است و بعنوان راه كارها « ديپلماسي پنهان با معارضين» مطرح و تصويب شد كه : «قوي ترين اهرم ايران در قضيه عراق كه مي تواند منافع ايران را در شرايط كنوني ، در جريان حمله احتمالي و حتي آينده سياسي عراق تأمين كند, مجلس اعلاي عراق مي باشد.
نفرات مجلس اعلا در تهران
بعداز سقوط دولت سابق مجلس اعلاي عراق و نيروي بدر بعنوان اهرمهاي اصلي مداخله رژيم در عراق, نفراتي از آن در تهران مسائل مجلس اعلاي عراق را دنبال ميكند
1. نفر اصلي و بالاترين مسئول از طرف مجلس اعلا ، فردي بنام ابو عارف ميباشد . كه كليه امورات مجلس اعلا درتهران توسط ابو عارف هماهنگ ميشود. ابو عارف به زبان فارسي مسلط است . وي ارتباطات بسيار نزديكي با دفتر خامنه اي و وزارت خارجه و ستاد نيروي قدس دارد.
2. يكي از مسئولين مجلس اعلا ، حاج حازم شكرچي ( ابو مهدي ) ميباشد. وي ساكن منطقه دولت آباد تهران ميباشد.
3. ابو شاهين يكي از مسئولين مجلس اعلا درتهران است . وي احتمالاً كرد است و ساليان در تهران در مجلس اعلا بوده است .
ابو امير شيرازي از مشاوران سابق آخوند باقر حكيم بود . وي مستمراً بين بغداد و تهران در تردد ميباشد. رابطه بسيار نزديكي با وزارت خارجه دارد . همينطور با قاسم سليماني و فرماندهان نيروي قدس سپاه در ارتباط است